Архив был создан декретом 914/1969 8 мая 1969 года одновременно с оформлением системы административных архивов. В тексте преамбулы манифеста говорится о том, что корни этого архива восходят к XVI веку. По функциям, которые выполнял этот архив, он - прямой наследник Генерального архива Симанкаса и без вести пропавшего Генерального центрального архива Алькала дэ Энареса. Архив Симанкаса эпохи Филиппа II получал документацию от советов и других государственных учреждений. Переполнение документами пространства архива и его отдаленность от двора стали причинами создания Генерального центрального архива в 1858 г. в архиепископском дворце Алькала дэ Энареса. В этот архив стекалась документация от министерств и других учреждений, устраненных после реформы 1834 года. По истечению срока регламента архив пересылал документацию в Национальный исторический архив до тех пор, пока в 1939 году пожар не разрушил Генеральный центральный архив. Таким образом, Центральный архив 1858 г. - был первым промежуточным архивом, откуда материалы поступали в Национальный архив.
В 1969 году создается Генеральный архив Администрации (AGA), который должен укрепить испанскую архивную систему с прошлого века и регулировать перевоз архивов между различными системами. Устанавливается срок в пятнадцать лет для транспортировки документов министерств в Генеральный архив Администрации. Также устанавливается период в двадцать пять лет для того, чтобы те документы, которые потеряли административную силу, обрели исторический характер и были перевезены в Национальный исторический архив.
Первые фонды были основаны в конце 1972 года, несмотря на то, что только в 1976 году состоялось официальное торжественное открытие. Это связано с тем, что в 1973 году Испания переживала смену политических лидеров страны. В это время баскские террористы убивают премьер-министра Карреро Бланко, которого заменил Карлос Ариас Наварро. В 1975 году умирает Франко.
Исчезновение Генерального центрального архива объяснялось накоплением документации в специальных архивах при министерствах, а также исчезновением некоторой документации из архива по причине не хватки пространства для хранения. Все это создало условия, чтобы с 1972 года Генеральный архив Администрации получал массивные фонды документов. Пока их идентифицировали, архив собирал фонды исчезнувших учреждений (Испанский университетский профсоюз, секция "Женское движение", движение Фалангистов) и документацию бывших испанских колоний в Африке. Перемещение судов Мадрида в его настоящее здание на площадь Кастилии перевозило массивную судебную документацию Генеральный архив Администрации.
В настоящее время архив является комплектующимся из постоянно поступаемых документов администрации государства.
