Рассмотрим исторические предпосылки создания Национального исторического архива. XIX век в истории Испании характеризуется реакционной политикой. Приказом 18 августа 1850 учреждается, что вся документация монастырских архивов переходит в Королевскую Академию Истории. Это будет являться первым документальным депозитом церковных фондов, которые позже учредят "ядро" мадридского архива, который только в зачатках. У Академии появляются сложности с хранением и контролем такой многочисленной ценной документации. Академики просят Министерство народного просвещения о создании отдельного архива, который бы хранил наиболее важные фонды документов. С 1852-1856 г. прокатилась по стране волна революций. 14 июля 1856 г. в Мадриде по призыву прогрессистских депутатов учредительных кортесов началось восстание национальной милиции и рабочих, подавленное после трёх дней ожесточённой борьбы. В этом же году кортесы приняли законы о "дезамортизации", т. е. распродаже земель, принадлежавших церкви, монастырям, государству, а также земель крестьянских общин. В 1858 г. чиновники архивов включены в состав так называемого Корпуса архивистов, библиотекарей и археологов. Возникает срочная необходимость строительства нового архива, который смог хранить документы по истории Испании на базе фондов секуляризованных монастырей.
Королевским указом от 28 марта 1866 основан Исторический национальный архив. В приложении к этому указу министр просвещения и президент Академии истории, Дон Антонио Агилар и Ремень, маркиз Веги, просит, чтобы этот новый архив, признанный публичным, был наиболее полезен Академии, чем просто любителям исторических исследований. Созданный архив будет зависеть от Академии до конца XIX века.
В конце XIX века архив перемещают в здание Академии Национальных Музеев и Библиотек, где он займет северное крыло. В 1896 архив полностью комплектуется в здании Национальной Библиотеки. Директором архива становится Дона Висенте Вигнау Бальестер, который формирует архив не как груду средневековых фондов, а учреждает депозит документов более современных учреждений.
Расцвет Национального исторического архива приходится на годы пребывания в здании Национальной Библиотеки - с 1896 до 1952. Месторасположение позволяет получать всю документацию государственных учреждений, до этого разрозненную и затерянную. Годы, прошедшие в этом здании, считаются временем максимального увеличения Исторического национального архива. В 1952 году открывается новое здание для этого архива в здании министерства национального образования (ул. Серано, 115). В этом месте архив продолжает комплектоваться, и пополнятся документами с государственных учреждений и других архивов. К Национальному историческому архиву были присоединены архивы соборов, церквей и церковных "благотворительных учреждений" целого ряда провинций Испании, фонды Высших советов испанской монархии доконституционной эпохи, фонды рыцарских орденов, ордена Иоаннитов, университетские архивы и бумаги старинных колледжей, переписка иезуитов и пр. Наконец, из других исторических архивов сюда перевезен архив иностранных дел ("Estado"), вся историческая часть центрального архива в г.Алькала де Энарес и некоторая часть Симанкасского архива, а также старинные документы, отложившиеся в провинциальных учреждениях финансового ведомства (Delegaciones de Hacienda), бумаги Главного управления по долгам (Direccion general de la Deuda) и упраздненного министерства колоний (Ministerio de Ultramar).
