Хронологически материал Национального исторического архива почти совпадает с материалами Симанскасского архива, но носят несколько иной характер. Здесь преобладают не фонды королевских учреждений, а главным образом, корпораций.

          Национальный Исторический Архив делится на 5 фондов:Учреждения Старого Порядка, современных Учреждений, церковных Учреждений, частных Архивов и Коллекций.

Учреждения Старого Порядка

          Через институты Старого режима в учреждения монархии стекается документация советов, собраний, государственных департаментов. В конце XIX века именно сама Администрация перевезла в Исторический Национальный Архив эту документацию, которую усилиями Старого режима не удалось перевезти в Архив Симанкасса. Эта многочисленная документация содержит материалы палаты Кастилии, советов Кастилии, Арагона, Крестового похода, документы министерства финансов, управления делами Индий, Инквизиции; документы церковных собраний, кавалерий, королевского двора и т.п. Всего 51 фонд, который объединен в секции Государственных учреждений, Инквизиции, Военных постановлений, Кодексов, Современные фонды и Колониальная секция. Раздел "Корпорации, Объединения" содержит материалы об учреждениях, которые восходят еще к средним векам, такие как: Гильдия скотоводов, Городской совет земли и города, святые братства или материалы таких университетов как: университет Алькалы, семинарии дворян. Эти 10 фондов хранятся в секциях "Различное", "Университеты", "Кодексы".

Современные учреждения

          В Архиве также существуют 32 фонда современных учреждений, Законодательной власти (Кортесы Кадиса), Судебной власти (включена группа фондов, соответствующих республиканским судам), и Исполнительной власти. Помимо упомянутых существуют фонды государственной Администрации, Центрального управления (военное управление Примо де Ривера, Центральный университет Мадрида, министерство финансов, правосудие, документы по делам заморских стран и т.д.), фонд Переферии (управляющие Кубой и Филиппинами), фонд "Советов" (Совет Заморских стран, Королевский Совет и т.д.) и фонд "Объединений" (Ассоциация Скотоводов). Эта документация, которая хранится в секциях современных фондах, заморских стран, Советов, Разное, Военные приказы, во время пожаров и гражданской войны были перевезены в Архив Администрации Алькала де Энарес до 1969 года.

Церковные учреждения

          Фонд "Церковные Учреждения" имеет самую древнюю документацию (IX- XIX в.), которая попала в Архив вследствие законов секуляризации церковных земель. Секция "Клир" сохранила 2.090 архивов (1.382 мужских приказов и 708 женских), 26 религиозных приказов по секуляризации, 96 фондов соборов и 2.011 из приходских церквей, документы соборных церквей и скиты, 110 фондов с архивами больниц при институте Благочестия. К этому нужно добавить документы 11 монастырей Военных испанских Приказов (Сантьяго, Calatrava, Alc?ntara и Монтеса) и широкую документацию Приказа Сан-Хуана Иерусалима в Кастилии, Леоне и Арагоне. Эта обильная документация хранится в секциях "Клира", "Военных приказах", "Кодексов".

Частные архивы

          В секции "Частные архивы" хранятся 40 личных и семейных архивов с XV по XX веков, недавно добавленный архив ассоциаций, архивы личностей, соответствующих научной области (Исаак Пераль, Кабальеро и т.д.), сфере политики (Маргарита Нелькен, Марселино Паскуа и т.д.), литературы (Луис Розалес Камачо, Хуан Рамон Хименес и т.д.), дипломатии (Хуан Антонио Раскон Наварро и т.д.), военной службы (Висенте Рохо, Валериано Веилер Николау и т.д.). Архивы хранятся в секциях "Разное" и "Государственные учреждения"

Документальная коллекция

          В Архиве около 30 коллекций, с документами X - XX веков, которые поступили вследствие покупки и дарения Национальному Историческому архиву. Выделяется коллекция кодексов, тайнописи и картографические материалы, которые хранятся во всех секциях архива. Разнородность фондов способствует тому, что Исторический Национальный Архив считается "архивом архивов", с большим документальным объемом (43.500 мл) и хронологически объемными рамками (IX- XX века). Также существует раздел "дополнения Репрографии", касающийся документов Коминтерна и архива графа Кампоманеса. Через Портал Испанских Архивов (http://pares.mcu.es) можно заказать описание и цифровое изображение этих документов.