В соответствии с "ордонансом Генерального архива Индий" 1790 г., утвержденным Карлом IV, все документы архива группируются по принципу происхождения. Этот принцип и различные аспекты его практического использования были высказаны почти в 40 главах из 94 ордонанса. Здесь не встречается понятие фонд, но требование хранить документы по учрежденческому принципу звучит отчетливо. Колониальная администрация Испании была убеждена, что для того, чтобы найти с наибольшей легкостью документ, нет лучшей системы, чем расположить их так, как произвела живая администрация. Только в XIX веке документы группируются, как в архиве Симанкасе, по хронологическому принципу.

          Сегодня архив состоит из пятнадцати секций, четыре из которых "искусственные" (они были организованы архивом вследствие присоединения документов из других фондов). Самая большая секция - "Управление", которая разделена на пятнадцать подразделов, четырнадцать аудиенций по делам Нового мира. Один из самых важных фондов архива - документы Советов по делам Индий.

          Судопроизводственные документы Совета Индий включены в секцию IV - "Правосудие", где собраны дела Верховного суда над индейцами с 1515-1617г.Тот же тип документации составляет секцию VI - "документация писаря палаты", где сохранились судебные бумаги Совета с момента учреждения палаты писарей при Верховном суде в 1571 г. Таким образом, разделение документов идет по хронологическому принципу.

           Совет Индий также действовал и как Верховный суд счетов по общей бухгалтерии. Документы, производимые в ходе этих финансовых операций, попали в архив в 1786 году и образовали в секцию II - "Бухгалтерия". Часть более поздней документации находится в секции V - "Управление". Это самая большая секция объединяет документы управления Совета Индий от его основания до исчезновения. С XVIII века появляется новая система управления. Функции Советов получают Государственные секретариаты, документация которых содержится также в секции "Управление".

          Государственные секретариаты рождаются с момента прихода на испанский престол Бурбонов, чтобы заменить австрийскую административную систему, основанную на Советах. Появляется так называемый "зарезервированный путь", когда в Государственные Секретариаты распределяются министры и служащие, лично выбранные королем и опыт которых признан в определенных ветвях власти. В 1714 году Фелипп V учреждает пять Секретариатов: государственных и иностранных дел, Секретариат церковных и судебных дел, военных дел, по делам Индий и морским связям, министерство финансов. Последний Секретариат по общим вопросам Америки и секретариат по заморским вопросам устранены в 1823 году, в связи с независимостью большинства испанских колоний.

          Фонды секции "Управление" распределяются в подразделы в соответствии с организацией Аудиенций различных индейских территорий. Данная секция делится на пятнадцать подразделов, четырнадцать Аудиенций и общий фонд, который не касается определенной территории, а охватывает все индейские провинции. Также здесь хранится внутренняя документация Советов, Секретариатов и бумаги других полуостровных учреждений.

          Часть фондов, которые должны были быть в этой секции и принадлежат королевскому покровительству (права короны на церковные земли) формируют "искусственную" секцию "Покровительство". Здесь находятся фонды документов, которые перешли от Совета Индий. Некоторые документы последних лет существования Совета Индий, государственных учреждений и последующих министерств по морскому управлению образовали секцию X - "Заморская"

          Документация, касающиеся общих вопросов Америки, учреждения первого государственного департамента(XVIII - XIX века), управляющим международными отношениями - составляют секцию IX "Государственная". Эта секция имеет немногочисленные связки документов, но с очень интересной информацией по теме Независимости. Второй фонд по объему и важности - сформирован документами Дома Контрактации. Это учреждение образовалось в Севилье в 1503 году, потом было перемещено в Кадис с 1717 до его исчезновения в 1790. Фонд состоит почти из 6.000 связок документов с самым интересным содержанием, связанным с деятельностью Дома Контратакции: торговля и транспортировка товаров между Испанией и Америкой, организация, контроль флотов и судоходства, контроль "пассажиров Индий", гражданская юрисдикция в делах компаний торговли, фрахта, товарах покойников, контрактах...

          В конце XIX века в Архив Индий прибыла документация "капитанов Кубы" (секция XI - бумаги Кубы). Здесь собраны бумаги капитанов, управляющих Кубой, документация Нового мира - Лузианы и Флориды.

          В секции XII - Консульства - собраны документы Университета Докеров Индии, ассоциация цехового типа, которая объединяла торговцев, связанных с заморскими движениями. В 1543 году они получают привилегию организоваться в Консульство, которое разовьет активную деятельность как в Севилье, так и с XVIII века в Кадисе.

          Документы, исходившие от Королевской комиссии счетов, касающиеся счетов Кубы и Пуэрто-Рико, формируют специфическую секцию XIV - "Комиссия счетов".

          В настоящее время в Архиве существуют четыре "искусственные" секции. Секция I - "Покровительство" составляет документацию Королевского управления и права короны по церковным землям. Секция XIII - "ценных бумаг Кастилии" содержит документы, принадлежащие дворянству. Секция XVI - "Планы и карты" объединяет документы разного материала: карты, планы, рисунки, буллы. Секция XV - "Различное" сконцентрирована документация двух архивов (архив Фернандо Абаскаль - правитель Перу и архив Камило Гарсия Полавьеха, первого правителя на Кубе и Филиппинах), а также документы, полученные вследствие дарения или покупки.

          Документы, которые сегодня хранит архив, перешли из следующих столичных учреждений:

1. Совет Индий (XVI-XIX вв.)
2. Дом Контракций (XVI-XVIII вв.)
3. Консульства Севильи и Кадиса (XVI-XIX вв.)
4. Государственный секретариат Индий, департамента искусства и правосудия, министерство финансов (XVIII-XIX)
5. Секретариат учета прибытий (XVIII - XIX)
6. Комиссариат по контролю национальных имуществ Кадиса
7. Штаб-квартира Почты (XVIII-XIX)
8. Комиссия счетов, управление заморскими делами (XIX)
9. Королевская компания Гаваны (XVIII-XIX)

          Эти документы группируются в 16 секций:

1. Покровительство
2. Бухгалтерия
3. Контрактация
4. Правосудие
5. Управление
6. Писари Палаты
7. Прибывшие граждане
8. Почта
9. Государственная
10. Заморские страны
11. Куба
12. Консульства
13. Ценные бумаги Кастилии
14. Комиссия счетов
15. Различное
16. Карты и планы